7 июля 2013 года, в годовщину трагедии в Крымске, за Божественной литургией в храме Рождества Иоанна Предтечи в Ивановском г. Москвы, Патриарх Московский и всея Руси Кирилл вознес сугубую молитву об упокоении душ усопших приснопоминаемых рабов Божиих, жителей Крымска и других населенных пунктов Кубани, «от внезапного нашествия водной стихии и потопления скончавшихся».
В ночь с 6 на 7 июля 2012 года в Краснодарском крае произошло разрушительное наводнение, вызванное сильными осадками. Было затоплено более 7 тыс. жилых домов, из них почти 5 тыс. в Крымске. Погибло более 150 человек, в основном — в Крымском районе. С первого дня трагедии церковь активно включилась в работу по преодолению последствий стихии и оказанию помощи потерпевшим.
К апрелю 2013 года на счет Синодального отдела по церковной благотворительности поступило пожертвований на сумму более 50 миллионов рублей. Из общецерковных средств, собранных по благословению Патриарха Кирилла, пострадавшим были куплены 3 квартиры, 4 дома, пятерым пострадавшим оказана финансовая помощь в покупке жилья, также по 34 заявкам от пострадавших оплачены ремонтные работы жилых помещений. При оказании помощи приоритет отдавался одиноким старикам, многодетным семьям и инвалидам.
После трагедии Патриарх Кирилл дважды побывал в Крымском районе. Первый раз Предстоятель Русской церкви посетил Крымск 23 июля 2012 года. Святейший Владыка совершил молебен и литию в храме Архангела Михаила, посетил Казанский храм, встретился с волонтерами, осмотрел подвергнувшиеся удару стихии дома, пообщался с родственниками погибших и пострадавшими жителями города. В ходе второго посещения города 21 апреля 2013 года Святейший Патриарх совершил Божественную литургию в храме Архангела Михаила и посетил жилища горожан, которым церковь оказала помощь после наводнения.
