Деятельность этого Московского митрополита пришлась на непростое время правления Ивана Грозного. Именно за разоблачение злодеяний царских опричников принял мученическую смерть святитель Филипп (Колычев). В присутствии убийцы митрополита – Малюты Скуратова-Бельского – тело архипастыря было похоронено в Тверском Отроч-Успенском монастыре за алтарем храма.
Спустя 22 года мощи пастыря были перевезены на Соловки и положены в церкви святых Зосимы и Савватия. В 1652-ом году царь Алексей Михайлович, посоветовавшись с патриархом Иоасафом, решил перенести мощи праведника в Москву. В июле того же года мощи митрополита Филиппа были торжественно положены в серебряную раку в Успенском соборе Московского Кремля.