По совету одного старца, преподобный Иоанн еще в достаточно юном возрасте уединился в египетской пустыне. Жил святой в опустевшем колодце, предварительно молитвой изгнав оттуда змеев и скорпионов. Еду праведнику приносил ангел.
Переборов множество искушений, преподобный Иоанн пустынник стал одним из многих иноков, прославившихся подвигом высокого аскетизма в Египетской пустыне.