Вместе они несколько лет совершали богомолье по святым местам Палестины, Константинополя, Афона, жили в скиту близ реки Сорка. Став в духовной жизни опытным иноком, преподобный Иннокентий Комельский в течение тридцати лет трудился над созданием монашеской обители в Комельском лесу, близ реки Еда в Вологодском крае.
В основу жизни монастырской братии он положил евангельскую заповедь любви и духовного мира.