Будущий святитель родился около 1482 года в Москве в семье благочестивых родителей. При крещении он был наречён во имя Архистратига Михаила. Известно, что отца его звали Леонтий. Отец Михаила, очевидно, вскоре после рождения сына, скончался. Мать его приняла впоследствии монашеский постриг с именем Евфросиния.
Решив избрать для себя монашеский путь, юноша поступает послушником в Рождества Богородицы Пафнутиево-Боровский монастырь. При постриге он был назван в честь знаменитого православного аскета-пустынника преподобного Макария Египетского.
Будущий святитель поступил в монастырь преподобного Пафнутия после того, как Иосиф Волоцкий его покинул. Тем не менее влияние волоцкого игумена на будущего митрополита весьма велико.
В 1523 году Макарий стал игуменом Лужецкого Богородицкого монастыря в Можайске. В 1526 году он был рукоположен во архиепископа Новгородского и Псковского. Новгородская кафедра к этому времени вдовствовала семнадцать лет.
Многолетнее отсутствие епархиального владыки не лучшим образом сказалось на состоянии её дел. Необходимые меры были направлены на реализацию решений соборов 1503-1504 годов. Было запрещено совместное проживание в монастыре иноков и инокинь. В женских монастырях игумены были заменены на игумений. Служить в женских монастырях было предписано белым священникам. Светские лица, проживавшие при монастырях, оттуда были удалены. Будучи последовательным сторонником сильного монастырского хозяйства, новый архиепископ приложил немалые усилия для перевода новгородских монастырей на общежительный устав.
Много внимания владыка уделяет реставрации старинных икон и храмов, в Софийском соборе были поновлены фрески. Здесь же, в Новгороде была предпринята первая попытка собрать воедино все книги «в русской земле чтомые», первая редакция знаменитых «Макарьевских миней». В свод входили как жития святых, так и дидактические и богословские произведения. В 1541 году все двенадцать томов свода были переданы в библиотеку Софийского собора.
Святитель Макарий был возведён на митрополичий престол 19 марта 1542 года. В этом сане Макарий сменил низложенного митрополита Иоасафа.
В 1547 и 1549 годах святитель созывает в Москве два Собора, на которых была проведена большая работа по канонизации русских святых. В связи с прославлением новых святых под руководством митрополита была проделана большая работа по составлении житий.
При нём, в 1551 году, состоялся знаменитый Стоглавый Поместный Собор Русской православной церкви.
3 декабря 1563 года митрополит Макарий извещал государя, что по немощи намерен оставить митрополию и «отъити на молчалное житие» на место своего пострижения в Пафнутиев монастырь. Государь вместе с наследником явились на митрополичье подворье и умоляли его не оставлять митрополии.
Только 21 декабря он дал согласие оставаться на кафедре, но через 10 дней, в последний день 1563 года владыка Макарий скончался.
1 января состоялось его погребение в Успенском соборе.
Тропарь
Яко великим пастырем единонравна и учителем вселенныя единомысленна, Божия Премудрости служителя изрядна, иже блаженству тезоименита, днесь, вернии, вси воспоим: Христа Бога моли, святителю Макарие, умирити мир и спасти души наша.
